In ferner Zukunft führt der dunkle Gott Unicron einen letzten Krieg um die Vorherrschaft im Universum. Autobots und Decepticons aus parallelen Welten werden herbeigerufen, um in der größten Schlacht aller Zeiten zu kämpfen. Und während sie kämpfen und sterben wird Unicron immer stärker.
Um die durch den Erfolg von Transformers Armada stark gestiegene Nachfrage zu decken, begann Hasbro mit der originalen Universe Reihe. Figuren aus Armada, Beast Machines, Beast Wars, Generation 2 und sogar Generation 1 bekamen einen neuen Anstrich und wurden erneut verkauft. Die Story dazu gab es von 3H Productions, den Veranstaltern der Botcon während dieser Zeit.